M. Perțea's Profile

Role	Title	Level	Year	L/R
🦁	StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads M. Perțea, G. Pertea, C. Antonescu, Tsung-Cheng Chang, J. Mendell, S. Salzberg	13	2015	13 🦁
🦁	Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown M. Perțea, Daehwan Kim, G. Pertea, J. Leek, S. Salzberg	12	2016	12 🦁
🐜	Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum 45 auth. M. Gardner, N. Hall, E. Fung, O. White, M. Berriman, R. Hyman, J. Carlton, A. Pain, K. Nelson, S. Bowman, I. Paulsen, K. James, J. Eisen, Kim M Rutherford, S. Salzberg, ... A. Craig, S. Kyes, Man-Suen Chan, V. Nene, S. Shallom, Bernard B. Suh, J. Peterson, Samuel V. Angiuoli, M. Perțea, Jonathan E. Allen, J. Selengut, D. Haft, M. Mather, A. Vaidya, David M. A. Martin, A. Fairlamb, M. Fraunholz, D. Roos, S. Ralph, G. McFadden, L. M. Cummings, G. Subramanian, C. Mungall, J. Venter, D. Carucci, S. Hoffman, C. Newbold, Ronald W. Davis, C. Fraser, B. Barrell	12	2002	12 🐜
🐜	The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project 197 auth. E. Feingold, P. Good, M. Guyer, S. Kamholz, L. Liefer, K. Wetterstrand, F. Collins, T. Gingeras, D. Kampa, E. Sekinger, Jill Cheng, H. Hirsch, Srinka Ghosh, Z. Zhu, Sandeep Patel, ... A. Piccolboni, A. Yang, H. Tammana, S. Bekiranov, P. Kapranov, R. Harrison, G. Church, K. Struhl, B. Ren, Tae Hoon Kim, Leah Barrera, Chunxu Qu, S. V. Calcar, R. Luna, C. Glass, M. Rosenfeld, R. Guigó, S. Antonarakis, E. Birney, M. Brent, L. Pachter, A. Reymond, E. Dermitzakis, Colin N. Dewey, Damian Keefe, F. Denoeud, Julien Lagarde, J. Ashurst, T. Hubbard, J. Wesselink, R. Castelo, E. Eyras, R. Myers, A. Sidow, S. Batzoglou, N. Trinklein, S. Hartman, S. F. Aldred, Elizabeth Anton, D. I. Schroeder, S. Marticke, Leann Nguyen, J. Schmutz, J. Grimwood, M. Dickson, G. Cooper, Eric A. Stone, G. Asimenos, M. Brudno, Anindya Dutta, N. Karnani, Christopher M. Taylor, H. K. Kim, G. Robins, G. Stamatoyannopoulos, J. Stamatoyannopoulos, M. Dorschner, P. Sabo, M. Hawrylycz, R. Humbert, J. Wallace, Min Yu, P. Navas, M. McArthur, William Stafford Noble, I. Dunham, Christof Koch, R. Andrews, Gayle K. Clelland, S. Wilcox, J. Fowler, K. James, Paul T. Groth, O. Dovey, P. Ellis, Vicki L. Wraight, A. Mungall, P. Dhami, H. Fiegler, C. Langford, N. Carter, D. Vetrie, M. Snyder, G. Euskirchen, A. Urban, Ugrappa Nagalakshmi, J. Rinn, George V. Popescu, Paul Bertone, S. Hartman, J. Rozowsky, O. Emanuelsson, Thomas E. Royce, Sambath Chung, M. Gerstein, Zheng Lian, Jin Lian, Y. Nakayama, S. Weissman, V. Štolc, W. Tongprasit, H. Sethi, Steven J. M. Jones, M. Marra, H. Shin, J. Schein, M. Clamp, K. Lindblad-Toh, Jean L. Chang, D. Jaffe, Michael Kamal, E. Lander, T. Mikkelsen, J. Vinson, M. Zody, P. Jong, K. Osoegawa, M. Nefedov, B. Zhu, A. D. Baxevanis, T. Wolfsberg, G. Crawford, J. Whittle, I. Holt, T. Vasicek, D. Zhou, S. Luo, E. Green, G. Bouffard, E. Margulies, M. Portnoy, Nancy F. Hansen, Pamela J. Thomas, Jennifer C Mcdowell, Baishali Maskeri, Alice C. Young, J. Idol, R. Blakesley, G. Schuler, W. Miller, R. Hardison, L. Elnitski, P. Shah, S. Salzberg, M. Perțea, William H. Majoros, D. Haussler, D. Thomas, K. Rosenbloom, H. Clawson, A. Siepel, W. Kent, Z. Weng, S. Jin, Anason S. Halees, H. Burden, U. Karaoz, Yutao Fu, Yong Yu, Chunming Ding, C. Cantor, R. Kingston, J. Dennis, Roland Green, Michael A. Singer, T. Richmond, J. Norton, P. Farnham, M. Oberley, D. Inman, M. McCormick, H. Kim, C. Middle, M. Pirrung, Xiang-Dong Fu, Y. S. Kwon, Z. Ye, J. Dekker, T. Tabuchi, N. Gheldof, J. Dostie, S. Harvey	11	2004	11 🐜
🐬	TigrScan and GlimmerHMM: two open source ab initio eukaryotic gene-finders William H. Majoros, M. Perțea, S. Salzberg	10	2004	10 🐬
🐜	Genomic sequence of the pathogenic and allergenic filamentous fungus Aspergillus fumigatus 98 auth. W. Nierman, A. Pain, M. Anderson, J. Wortman, H. Kim, J. Arroyo, M. Berriman, Keietsu Abe, D. Archer, Clara Bermejo, J. Bennett, P. Bowyer, Dan Chen, M. Collins, Richard Coulsen, ... R. Davies, P. Dyer, M. Farman, N. Fedorova, N. Fedorova, T. Feldblyum, R. Fischer, Nigel Fosker, A. Fraser, José L. García, M. J. García, A. Goble, G. Goldman, K. Gomi, S. Griffith-Jones, R. Gwilliam, B. Haas, H. Haas, D. Harris, H. Horiuchi, Jiaqi Huang, S. Humphray, J. Jiménez, N. Keller, H. Khouri, K. Kitamoto, Tetsuo Kobayashi, S. Konzack, R. Kulkarni, Toshitaka Kumagai, Anne Lafton, J. Latgé, Weixi Li, Angela Lord, Charles Lu, William H. Majoros, G. May, B. Miller, Y. Mohamoud, M. Molina, M. Monod, I. Mouyna, Stephanie Mulligan, L. Murphy, S. O'neil, I. Paulsen, M. Peñalva, M. Perțea, C. Price, B. Pritchard, M. Quail, E. Rabbinowitsch, N. Rawlins, M. Rajandream, U. Reichard, H. Renauld, G. Robson, S. R. Córdoba, J. M. Rodríguez-Peña, C. Ronning, S. Rutter, S. Salzberg, M. Sánchez, J. Sanchez-Ferrero, D. Saunders, K. Seeger, R. Squares, S. Squares, M. Takeuchi, F. Tekaia, G. Turner, C. D. V. Aldana, J. Weidman, O. White, J. Woodward, Jae-Hyuk Yu, C. Fraser, J. Galagan, K. Asai, M. Machida, N. Hall, B. Barrell, D. Denning	10	2005	10 🐜
🐢	Transcriptome assembly from long-read RNA-seq alignments with StringTie2 S. Kovaka, A. Zimin, G. Pertea, Roham Razaghi, S. Salzberg, M. Perțea	10	2019	10 🐢
🐜	Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector 102 auth. V. Nene, J. Wortman, D. Lawson, B. Haas, C. Kodira, Z. Tu, B. Loftus, B. Loftus, Z. Xi, K. Megy, M. Grabherr, Quinghu Ren, E. Zdobnov, E. Zdobnov, E. Zdobnov, ... N. Lobo, K. S. Campbell, Susan E. Brown, M. F. Bonaldo, Jingsong Zhu, S. Sinkins, D. Hogenkamp, P. Amedeo, Peter Arensburger, P. Atkinson, Shelby L. Bidwell, J. Biedler, E. Birney, R. Bruggner, J. Costas, M. Coy, J. Crabtree, Matt Crawford, B. Debruyn, David DeCaprio, K. Eiglmeier, E. Eisenstadt, H. El-Dorry, W. Gelbart, S. Gomes, M. Hammond, L. Hannick, J. Hogan, M. Holmes, D. Jaffe, J. Johnston, R. Kennedy, H. Koo, S. Kravitz, E. Kriventseva, D. Kulp, K. Labutti, Eduardo Lee, Song Li, Diane D. Lovin, Chunhong Mao, E. Mauceli, C. Menck, J. Miller, Philip Montgomery, A. Mori, A. L. Nascimento, H. Naveira, C. Nusbaum, Sinead B. O'Leary, Joshua Orvis, M. Perțea, H. Quesneville, Kyanne R. Reidenbach, Y. Rogers, C. Roth, J. R. Schneider, M. Schatz, M. Schatz, Martin Shumway, M. Stanke, M. Stanke, Eric O. Stinson, J. Tubío, J. P. Vanzee, S. Verjovski-Almeida, D. Werner, O. White, S. Wyder, Qiandong Zeng, Qi Zhao, Yongmei Zhao, C. Hill, A. Raikhel, M. Soares, D. Knudson, N. Lee, N. Lee, J. Galagan, S. Salzberg, I. Paulsen, G. Dimopoulos, F. Collins, B. Birren, Claire Fraser-Liggett, Claire Fraser-Liggett, D. Severson	10	2007	10 🐜
🐜	The genome of the blood fluke Schistosoma mansoni 56 auth. M. Berriman, B. Haas, P. LoVerde, R. Wilson, G. P. Dillon, G. Cerqueira, S. T. Mashiyama, B. Al-Lazikani, L. Andrade, P. Ashton, M. Aslett, D. Bartholomeu, G. Blandin, C. Caffrey, Avril Coghlan, ... R. Coulson, T. Day, A. Delcher, R. DeMarco, Appoliniare Djikeng, T. Eyre, John Gamble, E. Ghedin, Yong Gu, C. Hertz-Fowler, H. Hirai, Y. Hirai, R. Houston, A. Ivens, D. Johnston, D. Lacerda, C. Macêdo, P. McVeigh, Z. Ning, G. Oliveira, John P. Overington, J. Parkhill, M. Perțea, R. Pierce, Anna V. Protasio, M. Quail, M. Rajandream, J. Rogers, M. Sajid, S. Salzberg, M. Stanke, A. Tivey, O. White, David L. Williams, J. Wortman, Wenjie Wu, M. Zamanian, A. Zerlotini, Claire Fraser-Liggett, B. Barrell, N. El-Sayed	9	2009	9 🐜
🐢	GFF Utilities: GffRead and GffCompare G. Pertea, M. Perțea	9	2020	9 🐢
🐜	Draft Genome Sequence of the Sexually Transmitted Pathogen Trichomonas vaginalis 65 auth. J. Carlton, R. Hirt, Joana C. Silva, A. Delcher, M. Schatz, Qi Zhao, J. Wortman, Shelby L. Bidwell, U. Alsmark, Sébastien Besteiro, Thomas Sicheritz-Pontén, C. Noel, J. Dacks, P. Foster, C. Simillion, ... Y. Van de Peer, Diego Miranda-Saavedra, G. Barton, G. Westrop, S. Müller, D. Dessì, P. Fiori, Q. Ren, I. Paulsen, Hanbang Zhang, F. Bastida-Corcuera, A. Simoes-Barbosa, Mark T. Brown, Richard D. Hayes, M. Mukherjee, C. Okumura, R. Schneider, Alias J. Smith, Š. Vaňáčová, Maria Villalvazo, B. Haas, M. Perțea, T. Feldblyum, T. Utterback, C. Shu, K. Osoegawa, P. D. de Jong, I. Hrdý, L. Horváthová, Zuzana Zubáčová, P. Doležal, S. Malik, J. Logsdon, K. Henze, Arti Gupta, C. C. Wang, R. Dunne, J. Upcroft, P. Upcroft, O. White, S. Salzberg, P. Tang, C. Chiu, Ying-Shiung Lee, T. Embley, G. H. Coombs, J. Mottram, J. Tachezy, Claire Fraser-Liggett, Patricia J. Johnson	9	2007	9 🐜
🐜	Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii 44 auth. J. Carlton, Samuel V. Angiuoli, Bernard B. Suh, Taco W. A. Kooij, M. Perțea, Joana C. Silva, M. Ermolaeva, Jonathan E. Allen, J. Selengut, H. Koo, J. Peterson, Mihai Pop, D. Kosack, Martin Shumway, Shelby L. Bidwell, ... S. Shallom, S. V. Aken, S. Riedmuller, T. Feldblyum, Jennifer Cho, J. Quackenbush, M. Sedegah, A. Shoaibi, L. M. Cummings, L. Florens, J. Yates, J. Raine, R. Sinden, M. A. Harris, Deirdre Cunningham, P. Preiser, L. Bergman, A. Vaidya, L. H. V. Lin, C. Janse, A. Waters, Hamilton O. Smith, O. White, S. Salzberg, J. Venter, C. Fraser, S. Hoffman, M. Gardner, D. Carucci	9	2002	9 🐜
🐜	The Genome of the Basidiomycetous Yeast and Human Pathogen Cryptococcus neoformans 54 auth. B. Loftus, E. Fung, P. Roncaglia, D. Rowley, P. Amedeo, D. Bruno, J. Vamathevan, Molly Miranda, I. Anderson, J. Fraser, Jonathan E. Allen, I. Bosdet, M. Brent, Readman Chiu, T. Doering, ... M. Donlin, Cletus D'souza, D. Fox, Viktoriya Grinberg, Jianmin Fu, M. Fukushima, B. Haas, James C. Huang, G. Janbon, Steven J. M. Jones, H. Koo, M. Krzywinski, J. Kwon-Chung, K. Lengeler, R. Maiti, M. Marra, R. Marra, Carrie A. Mathewson, T. G. Mitchell, M. Perțea, Florenta R. Riggs, S. Salzberg, J. Schein, Alla Shvartsbeyn, Heesun Shin, Martin Shumway, C. Specht, Bernard B. Suh, A. Tenney, T. Utterback, B. Wickes, J. Wortman, N. Wye, J. Kronstad, J. Lodge, J. Heitman, Ronald W. Davis, C. Fraser, R. Hyman	9	2005	9 🐜
🐜	Draft Genome of the Filarial Nematode Parasite Brugia malayi 71 auth. E. Ghedin, Shiliang Wang, D. Spiro, E. Caler, Qi Zhao, J. Crabtree, Jonathan E. Allen, A. Delcher, David B. Guiliano, Diego Miranda-Saavedra, Samuel V. Angiuoli, T. Creasy, P. Amedeo, B. Haas, N. El-Sayed, ... J. Wortman, T. Feldblyum, L. Tallon, M. Schatz, Martin Shumway, H. Koo, S. Salzberg, S. Schobel, M. Perțea, Mihai Pop, O. White, G. Barton, C. Carlow, M. Crawford, J. Daub, Matthew W. Dimmic, Chris F Estes, J. Foster, M. Ganatra, W. F. Gregory, N. Johnson, Jiansheng Jin, R. Komuniecki, I. Korf, Sanjay Kumar, S. Laney, B. Li, Wen Li, T. Lindblom, S. Lustigman, D. Ma, C. V. Maina, David M. A. Martin, J. McCarter, L. McReynolds, M. Mitreva, T. Nutman, J. Parkinson, J. M. Peregrín-Alvarez, C. Poole, Q. Ren, Lori J Saunders, A. Sluder, K. Smith, M. Stanke, T. Unnasch, J. Ware, A. Wei, G. Weil, Deryck J. Williams, Yinhua Zhang, Steven A. Williams, Claire Fraser-Liggett, B. Slatko, M. Blaxter, A. Scott	9	2007	9 🐜