|
🐬
|
CheckV assesses the quality and completeness of metagenome-assembled viral genomes
Stephen Nayfach,
A. P. Camargo,
Frederik Schulz,
E. Eloe-Fadrosh,
S. Roux,
N. Kyrpides
|
9 |
2020 |
9
🐬
|
|
🐬
|
CheckV assesses the quality and completeness of metagenome-assembled viral genomes
Stephen Nayfach,
A. P. Camargo,
Frederik Schulz,
E. Eloe-Fadrosh,
S. Roux,
N. Kyrpides
|
9 |
2020 |
9
🐬
|
|
🐜
|
Determinants of community structure in the global plankton interactome
50 auth.
G. Lima-Mendez,
Karoline Faust,
N. Henry,
J. Decelle,
S. Colin,
Fabrizio Carcillo,
Samuel Chaffron,
J. C. Ignacio-Espinosa,
S. Roux,
Flora Vincent,
L. Bittner,
Youssef Darzi,
Jun Wang,
S. Audic,
L. Berline,
...
Gianluca Bontempi,
A. M. Cabello,
L. Coppola,
Francisco M. Cornejo-Castillo,
F. d’Ovidio,
L. De Meester,
I. Ferrera,
Marie-José Garet-Delmas,
L. Guidi,
Elena Lara,
S. Pesant,
M. Royo-Llonch,
Guillem Salazar,
Pablo Sánchez,
M. Sebastián,
Caroline Souffreau,
C. Dimier,
M. Picheral,
S. Searson,
S. Kandels-Lewis,
G. Gorsky,
F. Not,
H. Ogata,
S. Speich,
L. Stemmann,
J. Weissenbach,
P. Wincker,
S. Acinas,
S. Sunagawa,
P. Bork,
M. Sullivan,
E. Karsenti,
C. Bowler,
C. de Vargas,
J. Raes
|
9 |
2015 |
9
🐜
|
|
🐢
|
VirSorter2: a multi-classifier, expert-guided approach to detect diverse DNA and RNA viruses
11 auth.
Jiarong Guo,
B. Bolduc,
A. Zayed,
A. Varsani,
Guillermo Domínguez-Huerta,
Tom O. Delmont,
...
Akbar Adjie Pratama,
M. C. Gazitúa,
D. Vik,
M. Sullivan,
S. Roux
|
9 |
2021 |
9
🐢
|
|
🐜
|
Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean
39 auth.
L. Guidi,
Samuel Chaffron,
L. Bittner,
D. Eveillard,
Abdelhalim Larhlimi,
S. Roux,
Youssef Darzi,
S. Audic,
L. Berline,
Jennifer R. Brum,
Luis Pedro Coelho,
J. C. Espinoza,
S. Malviya,
S. Sunagawa,
C. Dimier,
...
S. Kandels-Lewis,
M. Picheral,
J. Poulain,
S. Searson,
L. Stemmann,
F. Not,
P. Hingamp,
S. Speich,
M. Follows,
L. Karp‐Boss,
E. Boss,
H. Ogata,
S. Pesant,
J. Weissenbach,
P. Wincker,
S. Acinas,
P. Bork,
C. de Vargas,
D. Iudicone,
M. Sullivan,
J. Raes,
E. Karsenti,
C. Bowler,
G. Gorsky
|
9 |
2015 |
9
🐜
|
|
🐜
|
Taxonomic assignment of uncultivated prokaryotic virus genomes is enabled by gene-sharing networks
12 auth.
Ho Bin Jang,
B. Bolduc,
Olivier Zablocki,
J. Kuhn,
S. Roux,
Evelien M. Adriaenssens,
...
J. R. Brister,
A. Kropinski,
M. Krupovic,
R. Lavigne,
D. Turner,
M. Sullivan
|
9 |
2019 |
9
🐜
|
|
🦁
|
Ecogenomics and potential biogeochemical impacts of globally abundant ocean viruses
24 auth.
S. Roux,
Jennifer R. Brum,
B. Dutilh,
S. Sunagawa,
M. Duhaime,
A. Loy,
B. Poulos,
Natalie E. Solonenko,
Elena Lara,
J. Poulain,
...
S. Pesant,
S. Kandels-Lewis,
C. Dimier,
M. Picheral,
S. Searson,
C. Cruaud,
A. Alberti,
C. Duarte,
J. Gasol,
D. Vaqué,
P. Bork,
S. Acinas,
P. Wincker,
M. Sullivan
|
9 |
2016 |
9
🦁
|
|
🐜
|
Patterns and ecological drivers of ocean viral communities
31 auth.
Jennifer R. Brum,
J. Ignacio-Espinoza,
S. Roux,
Guilhem Doulcier,
S. Acinas,
A. Alberti,
Samuel Chaffron,
C. Cruaud,
C. de Vargas,
J. Gasol,
G. Gorsky,
Ann C. Gregory,
L. Guidi,
P. Hingamp,
D. Iudicone,
...
F. Not,
H. Ogata,
S. Pesant,
B. Poulos,
S. Schwenck,
S. Speich,
C. Dimier,
S. Kandels-Lewis,
M. Picheral,
S. Searson,
P. Bork,
C. Bowler,
S. Sunagawa,
P. Wincker,
E. Karsenti,
M. Sullivan
|
9 |
2015 |
9
🐜
|
|
🐜
|
Marine DNA Viral Macro- and Microdiversity from Pole to Pole
52 auth.
Ann C. Gregory,
A. Zayed,
N. Conceição-Neto,
B. Temperton,
B. Bolduc,
A. Alberti,
M. Ardyna,
K. Arkhipova,
Margaux Carmichael,
C. Cruaud,
C. Dimier,
Guillermo Domínguez-Huerta,
J. Ferland,
S. Kandels,
Yunxiao Liu,
...
C. Marec,
S. Pesant,
M. Picheral,
S. Pisarev,
J. Poulain,
J. Tremblay,
D. Vik,
M. Babin,
C. Bowler,
Alexander I. Culley,
C. Vargas,
B. Dutilh,
D. Iudicone,
L. Karp‐Boss,
S. Roux,
S. Sunagawa,
P. Wincker,
M. Sullivan,
S. Acinas,
P. Bork,
E. Boss,
G. Cochrane,
M. Follows,
G. Gorsky,
N. Grimsley,
L. Guidi,
P. Hingamp,
O. Jaillon,
S. Kandels-Lewis,
E. Karsenti,
F. Not,
H. Ogata,
N. Poulton,
J. Raes,
C. Sardet,
S. Speich,
L. Stemmann
|
9 |
2019 |
9
🐜
|
|
🐜
|
DRAM for distilling microbial metabolism to automate the curation of microbiome function
18 auth.
Michael Shaffer,
M. Borton,
Bridget B. McGivern,
A. Zayed,
S. L. La Rosa,
L. Solden,
Pengfei Liu,
Adrienne B. Narrowe,
J. Rodríguez-Ramos,
B. Bolduc,
...
M. C. Gazitúa,
R. Daly,
Garrett J. Smith,
D. Vik,
Phil B. Pope,
Matthew B. Sullivan,
S. Roux,
K. Wrighton
|
9 |
2020 |
9
🐜
|
|
🐜
|
A genomic catalog of Earth’s microbiomes
267 auth.
Stephen Nayfach,
S. Roux,
Rekha Seshadri,
Daniel W. Udwary,
N. Varghese,
Frederik Schulz,
Dongying Wu,
David Páez-Espino,
I. Chen,
Marcel Huntemann,
Krishna Palaniappan,
J. Ladau,
Supratim Mukherjee,
T. Reddy,
T. Nielsen,
...
Edward Kirton,
José P. Faria,
Janaka N. Edirisinghe,
C. Henry,
S. Jungbluth,
D. Chivian,
Paramvir S. Dehal,
E. Wood-Charlson,
A. Arkin,
S. Tringe,
A. Visel,
H. Abreu,
S. Acinas,
E. Allen,
M. Allen,
L. Alteio,
G. Andersen,
A. Anesio,
G. Attwood,
Viridiana Avila-Magaña,
Yacine Badis,
J. Bailey,
B. Baker,
P. Baldrian,
H. Barton,
D. Beck,
Eric D. Becraft,
H. Beller,
J. Beman,
R. Bernier-Latmani,
T. Berry,
Anthony D. Bertagnolli,
S. Bertilsson,
Jennifer M. Bhatnagar,
J. Bird,
Jeffrey L. Blanchard,
Sara E. Blumer-Schuette,
B. Bohannan,
M. Borton,
Allyson Brady,
S. Brawley,
J. Brodie,
Steven Brown,
Jennifer R. Brum,
A. Brune,
D. Bryant,
A. Buchan,
D. Buckley,
J. Buongiorno,
H. Cadillo-Quiroz,
S. Caffrey,
A. Campbell,
Barbara Campbell,
S. Carr,
J. Carroll,
S. Cary,
Anna M. Cates,
R. Cattolico,
R. Cavicchioli,
L. Chistoserdova,
Maureen L. Coleman,
P. Constant,
Jonathan M. Conway,
W. M. Mac Cormack,
S. Crowe,
B. Crump,
C. Currie,
R. Daly,
Kristen M. DeAngelis,
Vincent J. Denef,
S. Denman,
A. Desta,
H. Dionisi,
J. Dodsworth,
Nina Dombrowski,
Timothy Donohue,
Mark Dopson,
Timothy P. Driscoll,
P. Dunfield,
C. Dupont,
Katherine A. Dynarski,
V. Edgcomb,
E. Edwards,
M. Elshahed,
Israel Figueroa,
Beverly E. Flood,
Nathaniel W. Fortney,
Caroline S. Fortunato,
C. Francis,
C. Gachon,
S. Garcia,
M. C. Gazitúa,
T. Gentry,
L. Gerwick,
Javad Gharechahi,
P. Girguis,
J. Gladden,
M. Gradoville,
S. Grasby,
Kelly Gravuer,
C. Grettenberger,
R. Gruninger,
Jiarong Guo,
M. Habteselassie,
S. Hallam,
R. Hatzenpichler,
B. Hausmann,
T. Hazen,
B. Hedlund,
C. Henny,
L. Herfort,
Maria Hernandez,
Olivia S. Hershey,
M. Hess,
E. Hollister,
L. Hug,
D. Hunt,
J. Jansson,
J. Jarett,
V. Kadnikov,
C. Kelly,
R. Kelly,
W. Kelly,
C. Kerfeld,
Jefferey A Kimbrel,
J. Klassen,
K. Konstantinidis,
Laura L. Lee,
Wenjun Li,
Andrew J. Loder,
A. Loy,
M. Lozada,
B. MacGregor,
C. Magnabosco,
Aline Maria da Silva,
R. McKay,
K. McMahon,
C. McSweeney,
Mónica Medina,
Laura K. Meredith,
Jessica E. Mizzi,
T. Mock,
L. Momper,
M. Moran,
C. Morgan-Lang,
D. Moser,
G. Muyzer,
D. Myrold,
Maisie Nash,
C. Nesbø,
A. Neumann,
R. Neumann,
D. Noguera,
T. Northen,
J. Norton,
Brent Nowinski,
K. Nüsslein,
M. O’Malley,
R. Oliveira,
Valéria Maia de Oliveira,
T. Onstott,
J. Osvatic,
Ouyang Yang,
M. Pachiadaki,
J. Parnell,
L. Partida-Martínez,
K. Peay,
D. Pelletier,
Xuefeng Peng,
Michael Pester,
J. Pett‐Ridge,
Sari Peura,
P. Pjevac,
Alvaro M. Plominsky,
Anja Poehlein,
P. Pope,
N. Ravin,
M. Redmond,
Rebecca A. Reiss,
V. Rich,
Christian Rinke,
J. L. M. Rodrigues,
W. Rodríguez-Reillo,
K. Rossmassler,
Joshua D. Sackett,
G. Salekdeh,
Scott Saleska,
M. Scarborough,
D. Schachtman,
C. Schadt,
M. Schrenk,
A. Sczyrba,
A. Sengupta,
J. Setubal,
A. Shade,
Christine Sharp,
D. Sherman,
O. Shubenkova,
I. N. Sierra-Garcia,
R. Simister,
H. Simon,
S. Sjöling,
J. Slonczewski,
Rafael Soares Correa de Souza,
J. Spear,
J. Stegen,
R. Stepanauskas,
F. Stewart,
G. Suen,
Matthew B. Sullivan,
D. Sumner,
B. Swan,
W. Swingley,
J. Tarn,
G. Taylor,
H. Teeling,
M. Tekere,
A. Teske,
T. Thomas,
C. Thrash,
J. Tiedje,
C. Ting,
B. Tully,
G. Tyson,
Osvlado Ulloa,
D. Valentine,
Marc Warwick Van Goethem,
J. VanderGheynst,
T. Verbeke,
John Vollmers,
A. Vuillemin,
N. Waldo,
D. Walsh,
B. Weimer,
T. Whitman,
P. van der Wielen,
Michael Wilkins,
Timothy J. Williams,
B. Woodcroft,
Jamie Woolet,
K. Wrighton,
Jun Ye,
E. Young,
N. Youssef,
F. Yu,
T. Zemskaya,
Ryan M. Ziels,
T. Woyke,
N. Mouncey,
Natalia N. Ivanova,
N. Kyrpides,
E. Eloe-Fadrosh
|
9 |
2020 |
9
🐜
|
|
🦁
|
Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
61 auth.
S. Roux,
Evelien M. Adriaenssens,
B. Dutilh,
E. Koonin,
A. Kropinski,
M. Krupovic,
J. Kuhn,
R. Lavigne,
J. R. Brister,
A. Varsani,
C. Amid,
R. Aziz,
Seth R. Bordenstein,
P. Bork,
M. Breitbart,
...
G. Cochrane,
R. Daly,
C. Desnues,
M. Duhaime,
J. Emerson,
François Enault,
J. Fuhrman,
P. Hingamp,
P. Hugenholtz,
B. Hurwitz,
Natalia N. Ivanova,
J. Labonté,
Kyung-Bum Lee,
R. Malmstrom,
M. Martínez-García,
I. Mizrachi,
H. Ogata,
David Páez-Espino,
M. Petit,
C. Putonti,
T. Rattei,
A. Reyes,
F. Rodríguez-Valera,
K. Rosario,
L. Schriml,
Frederik Schulz,
G. Steward,
M. Sullivan,
S. Sunagawa,
C. Suttle,
B. Temperton,
S. Tringe,
R. V. Thurber,
N. Webster,
K. Whiteson,
S. Wilhelm,
K. E. Wommack,
T. Woyke,
K. Wrighton,
Pelin Yilmaz,
Takashi Yoshida,
M. Young,
N. Yutin,
L. Z. Allen,
N. Kyrpides,
E. Eloe-Fadrosh
|
8 |
2018 |
8
🦁
|
|
🐜
|
Host-linked soil viral ecology along a permafrost thaw gradient
23 auth.
J. Emerson,
S. Roux,
Jennifer R. Brum,
B. Bolduc,
B. Woodcroft,
H. Jang,
C. Singleton,
L. Solden,
A. Naas,
J. Boyd,
...
S. Hodgkins,
R. Wilson,
G. Trubl,
Changsheng Li,
S. Frolking,
P. Pope,
K. Wrighton,
P. Crill,
J. Chanton,
S. Saleska,
G. Tyson,
V. Rich,
M. Sullivan
|
8 |
2018 |
8
🐜
|
